月经周期只有三天，一般原因是由于月经不调，身体内的激素紊乱，内分泌失调等引起来的，这种就需要服用中药来进行调理的。也可以到医院检查一下卵巢功能，如果是卵巢早衰等症状，内分泌障碍等引起来的，也会引起月经周期只有三天的情况，这种就要做女性激素六项和妇科检查来进行确诊，一般在月经干净三到七天左右检查的结果比较准确。其次，也可能是由于子宫内膜的炎症所引起来的，具体也是需要检查以后才能够判断的。综上所述，每一种治疗方法都不是一样的，所以要先进行检查才能够对症治疗。