有一部分先天性心脏病是有遗传倾向的，包括单基因遗传或者染色体疾病等所引起。此外，有一部分先天性心脏病如室间隔缺损等，如果父母患病，其子女患病的概率会增加。

当然，并不是所有的先天性心脏病和遗传有关，有一些先天性心脏病和遗传因素没有关系，是因为在胎儿时期母体受到病毒感染、服用某些药物、受到放射线照射以及环境污染等有关系，如果是因为这些原因导致了先天性心脏病的发生，就不会遗传给子女。