高密度脂蛋白偏低主要是会使动脉发生粥样硬化的风险明显升高，当发生动脉粥样硬化时可以引起相关的疾病，如冠状动脉发生粥样硬化可以引起冠心病，脑动脉粥样硬化可以导致脑血管病。

冠心病的患者可以引起心绞痛，严重时可以引起心肌梗塞，甚至心脏性猝死。脑血管病可以导致脑供血不足、引起脑中风，长期脑供血不足会造成脑萎缩。因此对于高密度脂蛋白偏低的人需要积极的采取生活方式的调控，要合理膳食，规律的运动以及长期控制体重在正常范围，必要时要给予调血脂的药物进一步治疗。