细菌性痢疾主要侵犯肠道，尤其是直肠和乙状结肠，由于细菌的毒力作用，会引起肠道的粘膜发生溃烂，以至于溃疡，比较浅表的可以在粘膜下层，如果比较重的，可以深达肌层，

细菌性痢疾，溃疡的形状也是凹凸不平，溃疡边缘粘膜过度增生，而形成息肉，慢性的细菌性痢疾，由于痢疾反复发作，肠道粘膜增厚变硬，有的会出现肠腔的狭窄，由于肠道出现溃疡，会引起在排便时有腹痛和粘液脓血便的发生。