多囊肾伴有结石的治疗，包括肾绞痛的治疗、排石治疗、溶石治疗、手术治疗以及预防复发的治疗。对于肾绞痛发作的治疗，首先应该选择解痉镇痛药物，常用的有山莨菪碱或阿托品加哌替啶或吗啡，必要的时候可以重复使用。

排石治疗主要是通过大量饮水、适当活动，并辅助一些解痉药物将结石排出。饮水的量要求能够使每日尿量达到2000到2500毫升以上，每日饮水要均匀。而适当的活动，如跑步和跳绳也能够促进结石的排出。

溶石治疗仅用于治疗尿酸结石和胱氨酸结石，如果有下列情况之一时需要手术治疗，一、无尿及肾后性急性肾衰竭的患者。二、结石直径大于一厘米的患者。三、排石治疗无效的患者，尤其仍有肾绞痛的发作。