核磁共振作为高端的影像学检查设备，检查部位比较广泛，可以检查头颈部、四肢骨关节、脊柱、腹部、盆腔等几个大的部位，头颈部又有许多小的部位可以用磁共振来检查，比如鼻咽部、口咽部、眼眶、副鼻窦、垂体等。

磁共振检查有些部位有决定性的因素，是彩超或者CT等其他影像学设备无法取代的，比如垂体病变、四肢关节软骨病变、椎管内的病变。有些部位的价值和CT或者彩超相等，比如腹部、盆腔。有些部位磁共振不适合检查，比如胸部。