宫颈纳氏囊肿绝大多数情况下是子宫颈的生理性的改变，由于子宫颈转化区内的鳞状上皮取代柱状上皮，新生的鳞状上皮将子宫颈腺管口覆盖或者是深入这个腺管，将腺管口阻塞导致腺体分泌物引流受阻、潴留，就会形成纳氏囊肿。也可以由于子宫颈局部的损伤或者是子宫颈慢性炎症，使腺管口狭窄，导致宫颈纳氏囊肿的形成。

宫颈纳氏囊肿的发生，一般跟慢性炎症是相关的，极少会发生癌变，当然，也不是说一定不会发生癌变，一旦出现了异常情况，比如说异常的流血、流液，还是应该及时的进行检查和治疗。