宫颈纳氏囊肿大部分是子宫颈的一个生理性的改变，由于子宫颈转化区鳞状上皮取代柱状上皮，使新生的鳞状上皮的覆盖子宫颈管腺口，腺管开口或者是深入这个腺管将腺管阻塞，导致腺体的分泌物引流受阻、潴留，形成了囊肿，当然也可以由于局部创伤或者是子宫颈的慢性炎症使腺管口狭窄，发生纳氏囊肿。对于生育期的女性，宫颈纳氏囊肿其实是非常常见的，属于慢性宫颈炎的一个表现，通常也不需要进行特殊的处理。