宫颈纳氏囊肿绝大多数情况下是子宫颈的一个生理性变化，子宫颈转化区内的鳞状上皮取代柱状上皮过程中，新生的鳞状上皮覆盖子宫颈腺管口或者伸入腺管，将腺管口阻塞，导致腺体分泌物引流受阻、潴留，会形成囊肿。那么另外，子宫颈局部的损伤，或者是子宫颈慢性炎症，也会使腺管口狭窄，同样地可以导致宫颈腺囊肿形成。一般来说，纳氏囊肿不需要做特殊的处理。