导致孕酮低的原因有很多，黄体功能不全时，孕酮水平相应降低。

怀孕之后，胚胎发育不良，有先兆流产的症状时，可以出现孕酮偏低，但是因为孕酮呈脉冲式分泌，所以偶尔孕酮值低，不意味着胚胎发育情况差。

可以隔日复查孕酮及HCG值，结合HCG翻倍的情况，判断胚胎是否正常。

另外，孕酮低还可能是一些疾病所造成的，比如先天性肾上腺增生、原发性高血压、先天性强化酶缺乏症以及卵巢颗粒层膜细胞瘤等等都可以导致孕酮低。