射精管囊肿的治疗办法根据患者病情的轻重而有不同。

临床上部分射精管囊肿患者由于囊肿体积比较小，患者一般没有任何不适或者症状不明显，这种情况不需要特殊治疗，定期复查射精管囊肿的情况即可，一般复查可以做彩超。

部分射精管囊肿患者由于囊肿体积比较大，可压迫周围组织，有可能出现疼痛症状。如果疼痛反复发作，还有可能继发引起射精管感染，这类患者一般要在控制感染之后通过手术将囊肿切除，在术后要注意保持伤口的清洁，同时要注意控制饮食，避免吃辛辣刺激食物，这样有利于切口的愈合。