羊水穿刺的禁忌症包括：有先兆流产表现的孕妇，体温高于37.4℃，有出血倾向的，血小板小于等于70*10^9/L，凝血功能检查有异常的,有盆腔或宫腔感染征象的。

进行单纯的性别鉴定，是不适宜做羊水穿刺的。羊水穿刺主要是针对于孕妇年龄大于等于35岁，孕妇曾经生育过有染色体异常的患儿，夫妻一方染色体结构异常携带者，孕妇曾生育过单基因病患儿或遗传代谢病儿，中期唐筛高风险的。同时，羊穿还可以对宫内感染及胎儿的肺成熟度进行检测。