亚急性甲状腺炎目前的治疗方法主要是对症治疗和针对甲状腺功能异常的处理，症状较轻的患者不需要特殊处理，仅仅使用非甾体类抗炎药就可以缓解。对于全身症状比较重，持续高热、疼痛明显的患者，要酌情使用糖皮质激素。对于甲状腺功能亢进的患者，不需要抗甲状腺药物和放射碘治疗，只需要应用β受体阻滞剂来对症治疗就可以了。

对于慢性甲状腺炎，也就是桥本氏甲状腺炎的治疗，目前由于病因缺乏有效的治疗方法，只能针对甲状腺大小、甲状腺功能异常来做出对症治疗。如果患者甲功正常，甲状腺小，没有明显的压迫症状，可以随诊观察。

如果肿大的甲状腺压迫了邻近器官，或者影响了外观，可以考虑服用少量的甲状腺素，但是往往有前提，比如年轻的患者、生活在缺碘地区的患者，应用少量的甲状腺激素，使患者的甲状腺缩小，对于甲状腺功能减低的患者，可以应用左旋甲状腺素片来替代治疗。