胚胎停育的临床表现主要是停经后的阴道流血和腹痛，大部分胚胎停育和自然流产的病人都有明显的停经史。

但是妊娠早期流产，导致的阴道流血很难与月经异常相鉴别，常常没有明显的停经，大约有半数的流产是妇女未知怀孕就发生了受精卵死亡和流产。对于这些病人要根据病史、血、尿HCG（人绒毛膜促性腺激素）以及超声的检查结果进行综合的判断。

早期流产，常常先有阴道流血，而后出现腹痛，由于胚胎或者是胎儿死亡，绒毛与蜕膜剥离，血窦开放，出现阴道流血，剥离的胚胎或胎儿及血液刺激子宫收缩，排出胚胎和胎儿产生阵发性下腹疼痛。当胚胎或胎儿完全排出后，子宫收缩、血窦关闭、出血停止，晚期流产的临床过程与早产和妊娠足月产相似，经过阵发性的子宫收缩，排出胎儿及胎盘，同时出现阴道流血。