每个肿瘤目前都在寻找它的肿瘤标记物，甲胎蛋白作为肝癌的一个肿瘤标记物，在临床上应用非常广泛。它来自于一些原始的胚胎细胞，肝癌也能够分泌甲胎蛋白，但是并不是所有的肝癌都会分泌甲胎蛋白，所以临床上甲胎蛋白正常并不能除外肝癌。

在有肝病基础上，有两个影像学典型的肝癌表现，还是可以临床诊断肝癌的。另外甲胎蛋白升高了也并不一定是肝癌，它有可能是生殖系统的一些肿瘤，或者胃有些时候可能会出现肝样腺癌，它会出现甲胎蛋白高，但也不是肝癌。