偏头痛的原因目前还不明确，可能与以下因素有关：

第一、遗传因素

大部分偏头痛患者有家族史，亲属中出现偏头痛的风险是一般人群的3～6倍。

第二、内分泌和代谢因素

偏头痛女性比男性要多一些，一般在青春期发病，月经期更容易发作，妊娠期和绝经后发作可以减少甚至可以终止，这提示内分泌和代谢因素参与偏头痛的发病。其次，像5-羟色胺、去甲肾上腺素、P物质和花生四烯酸等代谢异常也可影响偏头痛发生。

第三、饮食与精神因素

偏头痛发作可由某些食物和药物诱发，如含酪胺的奶酪、含亚硝酸盐防腐剂的肉类和腌制食品等。以及口服避孕药和血管扩张剂等。另外一些环境和因素如紧张、过劳、情绪激动、睡眠过度或过少、经期、强光刺激也可诱发。