引起卵巢囊肿的原因目前不是很清楚：

第一长期的不良习惯： 长期生活习惯不好如熬夜、吸烟、喝酒，工作或者生活压力过大等原因都可以导致人体整体的身体机能下降，免疫功能下降从而发展成为卵巢组织的异常增生，导致卵巢囊肿。

第二、饮食及环境因素： 膳食结构不合理，高胆固醇饮食、维生素 A、C、E的缺乏、电离辐射等饮食、环境因素的影响均可导致卵巢囊肿的发生。 另外食物的污染， 如食用了植物生长激素的蔬菜水果等等，如家畜家禽等配方饲养中使用了瘦肉精类的激素成份，均可导致卵巢囊肿的发生。部分中青年女性滥用诸如丰乳、减肥及减缓衰老等激素类药物及滋补保健品，也可使卵巢肿瘤的发生呈高发性 、年轻化趋势。

第三是遗传原因：据有关资料报道，20-30%的卵巢肿瘤患者有明显的家族史。