卵巢早衰是一种多病因的综合征，在大部分的病例中病因还不明确。主要分为以下几个方面：

第一、遗传因素。遗传因素占主要的地位。其中X 染色体的异常，一直被认为是引起卵巢早衰的主要原因。X 染色体异常最常见的为 Turne综合征(先天性卵巢发育不全)，也就是先天性卵巢发育不全，这样的患者，他的表现为身体矮小，外阴发育幼稚，阴道、子宫小或者是缺失。

第二、免疫因素。自身免疫性疾病引起卵巢早衰，其中合并甲状腺疾病的是最常见的原因。

第三、手术、化疗、放疗和环境的毒素。累及卵巢的手术、全身的放化疗常常是医源性引起卵巢早衰的原因；烟草中的有害物质是被研究最为广泛的改变卵巢功能的毒素。

第四、酶缺陷。体内几种特殊的酶缺陷会破坏雌激素合成，造成体内雌激素水平低下，出现卵巢早衰的症状。

第五、心理因素。长期的焦虑、忧伤、恐惧等负面的情绪，不仅可以在下丘脑水平影响垂体-卵巢轴，还可以直接影响卵巢功能，从而导致卵巢早衰。

第六、特发性卵巢早衰。部分未找到病因的病例归为特发性卵巢早衰。