小便时龟头疼的最常见的原因就是尿路感染了，当尿道出现感染，会出现典型的尿路刺激征，即“尿频、尿急、尿痛”。 再有就是尿路结石，在小便时候也可以出现小便的疼痛的情况。感染性的疼痛一般是持续存在，经过正规抗感染治疗以后症状就可以消失，结石导致的龟头疼痛多呈一过性，表明石头已经到达尿道口，即将排出来。