对于龟头炎致病菌的区分，最准确的方法是取龟头表面分泌物来进行检查，这样就可以比较准确地区分是细菌感染还是真菌感染。如果单纯的从临床表现以及外观，有可能会产生误诊，因为甚至有些患者是同时合并有真菌、细菌一起感染。相对来说，细菌感染引起的龟头炎会有明显的红肿、疼痛、溃烂以及流脓。而真菌感染的龟头炎症往往瘙痒、刺痛感比较明显，龟头上会有小红点、丘疹、皮下损害、蜕皮等表现。