小型的房间隔缺损一般无症状，大中型的房间隔缺损会出现肺动脉高压和右心衰竭，房间隔缺损对血流动力学的影响，主要取决于分流量多少，分流量多少取决于缺损口大小，还与左右心室的顺应性和体肺循环的相对阻力有关。持续的肺血流量增加导致肺淤血，使右心容量负荷增加，肺血管顺应性下降，从功能性肺动脉高压发展为器质性肺动脉高压，右心系统压力随之持续增高，直到超过左心系统压力，使原来的左向右分流逆转为右向左分流而出现青紫。

房间隔缺损一般无症状，随病情发展，可出现劳力性呼吸困难、心律失常、右心衰竭等。晚期约有15%病人因重度肺动脉高压而出现右向左分流而有青紫，形成艾森门格综合征。