巧克力囊肿是可以做试管婴儿的，巧克力囊肿又叫卵巢子宫内膜异位症，是由于子宫内膜异位到卵巢后而导致的子宫内膜剥脱流血淤积在卵巢内，而形成的巧克力色，俗称为卵巢巧克力囊肿。

巧克力囊肿随着月经周期的延长而导致囊肿越来越大，会影响受孕，可导致女性不孕，所以如果要做试管婴儿，需要在卵巢内取出卵泡，在体外进行受孕，而形成一受精卵后，移植到子宫宫腔内。对于囊肿体积较大的症状比较明显的患者，如果计划怀孕，需要到生殖科进行全面的评估，必要时行术前的囊肿的剥除术，再行试管婴儿手术。