肛瘘的治疗方法主要采用手术为主，保守用药治疗肛瘘，对于肛瘘并没有明确的根治性效果，只能通过抗炎对症药物，来缓解肛瘘急性发作期引发的一系列炎症性症状。

肛瘘的手术方法主要采用肛瘘切开挂线手术，利用皮筋将局部括约肌切开，或者是间接性切断，保护肛周局部括约肌功能的同时，彻底切除瘘管壁，从而使得局部病灶进一步去除。肛瘘手术之后，由于伤口创面比较大，建议患者住院换药，对症治疗，避免由于伤口愈合不佳，而引起假性愈合或者是伤口的感染。

（药物的使用应在医生指导下进行）