绝大多数肛瘘不会出现癌变，只有当长期反复发作的肛瘘不积极进行治疗，或者是瘘管的炎性症状比较严重时，才有可能出现癌变的可能性。当肛瘘发生癌变时其瘘管局部的分泌物会增多，并且伴随恶臭味，甚至有可能出现局部瘘管壁粘膜的溃烂，需要进一步进行肛瘘切开挂线手术，并且将切除下来的怀疑高度癌变的瘘管壁进行病理化验。如果确诊癌变时，还需要进行盆腔核磁的相关检查来进一步明确是否发生局部以及周围淋巴结的转移。