窦性心动过缓的原因有生理性，也有病理性。生理性的窦性心动过缓常常是因为迷走神经张力增高所引起，如常见于一些运动员以及老年人，也可以见于在睡眠状态中。

病理性的窦性心动过缓最常见于病态窦房结综合征、甲状腺功能减低等疾病。对于病态窦房结综合征引起的窦性心动过缓，当心跳明显减慢，导致患者出现黑朦、晕厥甚至阿斯综合征发作时，需要给予永久起搏器进行治疗。对于甲状腺功能减低引起的窦性心动过缓，需要长期给予甲状腺素进行替代治疗。